اختلاف مقام معظم رهبری با میر حسین موسوی مربوط به دوران نخست وزیری ایشان واختلاف در سیاستها و برنامه های اجرایی دولت بودکه در دوره دوم ریاست جمهوری مقام معظم رهبری و در انتخاب مجدد میر حسین موسوی به عنوان نخست وزیر بروز یافت . ماجرای نخست وزیری مجدد مهندس موسوی به نقل از پایگاه اطلاع رسانی مرکز اسناد انقلاب اسلامی از این قرار بود که ؛
مهمترین مساله جریانهای فکری و سیاسی کشور پس از برگزاری انتخابات ریاست جمهوری، مساله تعیین نخست وزیر بود.

اختلاف مقام معظم رهبری با میر حسین موسوی مربوط به دوران نخست وزیری ایشان واختلاف در سیاستها و برنامه های اجرایی دولت بودکه در دوره دوم ریاست جمهوری مقام معظم رهبری و در انتخاب مجدد میر حسین موسوی به عنوان نخست وزیر بروز یافت . ماجرای نخست وزیری مجدد مهندس موسوی به نقل از پایگاه اطلاع رسانی مرکز اسناد انقلاب اسلامی از این قرار بود که ؛
مهمترین مساله جریانهای فکری و سیاسی کشور پس از برگزاری انتخابات ریاست جمهوری، مساله تعیین نخست وزیر بود. با توجه به جهت گیریهای مقام معظم رهبری در رقابت‌های انتخاباتی و سخنرانی‌های ایشان درباره سیاست‌های دولت در دوره چهار سال اول ریاست جمهوری ایشان، برداشت محافل سیاسی این بوده است که به احتمال قوی در دوره چهارساله دوم ریاست جمهوری ایشان، فرد دیگری غیر از آقای میرحسین موسوی نخست وزیر خواهد شد. ایشان در تبلیغات انتخاباتی پس از طرح مهمترین اقدامات خود در دوره چهارساله ریاست جمهوری، سیاست‌ها و دیدگاههای اقتصادی دولت را در طول چهار سال گذشته زیر سوال بردند و فرمودند :«... سیاست‌های اقتصادی باید صددرصد در جهت خدمت به محرومان و فقرزدایی باشد؛ دولت باید در زمینه کاهش فقر سیاستگذاری کند و البته این به این معنا نیست که ما بیاییم همه چیز را دولتی کنیم. اگر کسی خیال کرده دولت برای رفع تبعیض، فقر و محرومیت ناگزیر است که امور اقتصادی را خود در دست بگیرد، اشتباه کرده است. تجربه چهار سال گذشته، نشان داده است در هر کاری که مسئولیت آن صددرصد دولتی بوده ضرر کرده‌ایم؛ در زمینه واردات و بازرگانی و صنایع، دخالت دولت باعث ضرر شده است؛ زیرا نیروی کارآمد مردم و سرمایه مردم را از دست داده‌ایم و پرسنل دولت زیاد شده است و سلایق و انگیزه‌های شخصی را که عامل افزایش ثروت است، از بین برده‌ایم. راه مستقیم، بینابین است: اقتصادی مردمی با نظارت دولت.»
پس از برگزاری انتخابات ریاست جمهوری، آقای میرحسین موسوی نیز به انتقادات وارد شده به سیاستهای اقتصادی دولت از سوی کاندیداها پاسخ داد. به این ترتیب اختلاف نظر بین رئیس جمهور منتخب و نخست وزیر علنی شده و از تصمیم و اراده مصمم چهارمین رئیس جمهور برای ایجاد تغییراتی وسیع در نخست وزیری در اعضای دولت جهت تغییر سیاستهای کلان اقتصادی خبر می‌داد و نیز وجود اکثریت نمایندگان متمایل به جناح راست در مجلس ـ که از تفکر اقتصادی بازار آزاد حمایت می‌کرد ـ گمانه زنی فوق جهت تغییر نخست وزیر را تقویت می‌کرد.
از سوی دیگر ظاهراً مقام معظم رهبری قبل از انتخابات بنا نداشته‌اند که در انتخابات کاندیدا شوند ولی طی ملاقاتی که با امام خمینی (ره) انجام می‌دهند، حضرت امام به ایشان جهت نامزد شدن در انتخابات تکلیف می‌کنند و ایشان نیز درباره نخست وزیر آینده اعلام می‌کنند که اگر مجدداً رئیس جمهور شوند، هر کسی را که خودشان بخواهند به عنوان نخست وزیر معرفی خواهند کرد و امام نیز مساله مذکور را می‌پذیرند و به همین دلیل ایشان پس از انتخابات در سخنرانی خود در مشهد و نیز در سخنرانی خود هنگام مراسم تنفیذ حکم ریاست جمهوری نشانه‌هایی را مبنی بر تغییر نخست وزیر بیان کردند.
به این ترتیب اعلام نظر اجمالی مقام معظم رهبری جهت تغییر نخست وزیر آینده، ناشی از موافقت اولیه حضرت امام خمینی بوده است. ولی پس از گذشت چند روز از این مساله، نظر حضرت امام عوض شد
تغییر نظر حضرت امام خمینی، مبنی بر مصلحت بودن معرفی مجدد آقای موسوی به عنوان نخست وزیر، مقام معظم رهبری را در بن بست عجیبی قرار داد، چرا که ایشان از یک طرف احساس می‌کرد که از نظر شرعی و وظیفه به مصلحت کشور نیست مهندس موسوی را معرفی کند و از طرف دیگر نظر امام آقای موسوی بود. بنابراین برای حضرت امام نامه‌ای نوشتند که اگر حضرتعالی تشخیص می‌دهید که باید مهندس موسوی را معرفی کنم، حکم کنید، شما رهبر هستید. شما روز قیامت جواب دارید، ولی من جواب ندارم کسی را که مصلحت نمی‌دانم، نخست وزیر کنم، مگر این که حکم ولی فقیه بالای سر او باشد... امام هم می‌فرمودند من حکم نمی‌کنم. من حرف خودم را می‌زنم. برای حل مشکل مذکور آقای ناطق نوری به اتفاق آقایان مهدوی کنی، جنتی و یزدی به دیدار حضرت امام می‌روند تا از ایشان حکم معرفی آقای موسوی را به مجلس برای مقام معظم رهبری بگیرند تا از این طریق وی به مجلس معرفی گردد. امام در پاسخ به این جمله آقای ناطق نوری که: «آقای خامنه‌ای می‌گویند که اگر نظر شما آقای مهندس موسوی است، حکم کنید، من روز قیامت جواب شرعی ندارم، اما اگر ولی فقیه به من دستور دهد، حجت دارم» فرموده بودند که: «من حکم نمی‌کنم اما من به عنوان یک شهروند حق دارم نظر خودم را بدهم یا خیر... من به عنوان یک شهروند اعلام می‌کنم که انتخاب غیر از ایشان خیانت به اسلام است.» پس از این که حضرت امام جمله فوق را اظهار می‌دارند، آقایان ناطق نوری، مهدوی کنی، جنتی و یزدی به محل دفتر ریاست جمهوری رفته و به آیت الله خامنه‌ای اعلام می‌کنند که نظریه حضرت امام در واقع «حکم» است و فقط لفظ حکم را ندارد و مقام معظم رهبری نیز فرمودند که «برای من اتمام حجت شد.» و پس از این مساله تصمیم گرفتند تا مهندس میرحسین موسوی را برای بار دوم به عنوان نخست وزیر به مجلس شورای اسلامی معرفی کنند.به دنبال معرفی آقای مهندس موسوی جهت تصدی مقام نخست وزیری از سوی رئیس جمهور وقت به مجلس شورای اسلامی، دیدگاههای متعارض و مختلفی درباره دادن رأی اعتماد و یا عدم اعتماد به نامبرده در مجلس مطرح شد. با توجه به اکثریتی که جناح در حال شکل گیری «راست» در مجلس داشت، اگر نامزدی آقای موسوی صرفاً در مجلس مطرح می‌شد، عدم رأی اعتماد نسبت به وی احتمال قوی داشت. اما به دلیل شرایط جنگی حاکم بر کشور، حضرت امام خمینی نسبت به ابقای ایشان و عدم تغییر در نخست وزیری اعلام نظر کردند و نظریه خود را در پاسخ به نامه جمعی از نمایندگان مجلس دوم، چنین مرقوم نمودند:
«با تشکر از آقایان، اینجانب چون خودم را موظف به اظهارنظر می‌دانم به آقایانی که نظر خواسته‌اند از آن جمله جناب حجه الاسلام مهدوی و بعضی آقایان دیگر عرض کردم آقای مهندس موسوی را شخص متدین و متعهد دانسته و در وضع بسیار پیچیده کشور، دولت ایشان را موفق می‌دانم و در حال حاضر تغییر آن را صلاح نمی‌دانم ولی حق انتخاب با جناب رئیس جمهور و مجلس شورای اسلامی است.»
با اعلام صریح و کتبی نظریه حضرت امام درباره نخست وزیری آینده، جو غالب در مجلس شورای اسلامی به نفع آقای موسوی تغییر پیدا کرد و در واقع جای اقلیت و اکثریت عوض شد. «در نهایت پس از سخنان موافق و مخالف نمایندگان، از مجموع 261 رأی، مجلس شورای اسلامی با 162 رأی موافق و 99 رأی مخالف، به نخست وزیری مهندس میرحسین موسوی رأی اعتماد داد.» ( پایگاه اطلاع رسانی مرکز اسناد انقلاب اسلامی , ماجرای نخست وزیری مجدد مهندس موسوی ,ا کبر اشرفی , 15/3/88 و خاطرات حجت الاسلام والمسلمین ناطق نوری , ج 2 , مرکز اسناد انقلاب اسلامی ) (لوح فشرده پرسمان، اداره مشاوره نهاد رهبری، کد: 14/100122673)